Pendirian Fakultas Ekonomi sudah dirintis sejak tahun 1986, dengan di keluarkannya SK Yayasan Pendidikan Malikulssaleh No. 029/SK/YPM/1986 tentang Pengangkatan Dekan a.n. Drs. M. Hasan Usman. Atas dasar surat keputusan tersebut, Fakultas Ekonomi Universitas Malikussaleh sudah mulai melaksanakan kegiatan pendidikan sejak tahun 1986.

Fakultas Ekonomi merupakan salah satu fakultas yang berada dibawah naungan Universitas Malikussaleh. Sebelum Universitas Malikussaleh lahir, telah ada Perguruan Tinggi Islam Malikussaleh yang didirikan berdasarkan Surat Keputusan Yayasan Perguruan Tinggi Islam tertanggal 24 Mei 1972. Namun, karena belum memenuhi persyaratan sebagai perguruan tinggi, maka dibentuklah Yayasan Perguruan Tinggi Malikussaleh. Universitas Malikussaleh resmi berdiri pada tanggal 16 Februari 1981 dengan Akte Notaris No. 50. Selanjutnya melalui Akte Notaris No. 054 tanggal 16 Februari 1981, Yayasan Perguruan Tinggi Islam Malikussaleh berubah menjadi Yayasan Perguruan Tinggi Malikussaleh, yang didalamnya terdapat 2 Sekolah Tinggi, 1 Fakultas, 1 Sekolah Menengah Umum dan 1 Taman Kanak-kanak.

Dalam perkembangan berikutnya, berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 0584/0/1989, tanggal 11 September 1989, ditetapkan status terdaftar kepada fakultas/jurusan/program studi di lingkungan Universitas Malikussaleh, termasuk Fakultas Ekonomi dengan Program Studi Manajemen.

Seiring dengan berlakunya Undang-undang Nomor 18 Tahun 2001 tentang Otonomi Khusus Bagi Provinsi Daerah Istimewa Aceh sebagai Provinsi Nanggroe Aceh Darussalam, Presiden Republik Indonesia Megawati Soekarno Putri mengabulkan permintaan masyarakat Aceh dalam menindaklanjuti keistimewaan Aceh di bidang pendidikan dengan mengubah status Universitas Malikussaleh menjadi Perguruan Tinggi Negeri berdasarkan Keppres Nomor 95 Tahun 2001.

Berdasarkan Keppres No 95 Tahun 2001, maka Universitas Malikussaleh menjadi Universitas Negeri ketiga di Nanggroe Aceh Darussalam setelah Universitas Syiah Kuala dan IAIN Ar-Raniry. Seiring dengan perubahan status Universitas Malikussaleh dari Perguruan Tinggi Swasta (PTS) menjadi Perguruan Tinggi Negeri (PTN) tersebut, Fakultas Ekonomi melakukan pembenahan dan pengembangan diri. Fakultas Ekonomi membuka program studi (prodi) baru, yaitu Prodi Bisnis, Prodi Akuntansi, Prodi Ilmu Ekonomi dan Studi Pembangunan dan Prodi D-III Kesekretariatan. Pengembangan prodi ini diharapkan mampu memberikan kontribusi positif bagi fakultas pada khususnya dan bagi universitas dan daerah pada umumnya.